Gregers Jungersen er uddannet dyrlæge fra Landbohøjskolen i 1991 hvorefter han i 3½ år var assistent i praksis i Skærbæk og Bredebro i Sønderjylland. Fra 1994 ph.d. studie på Landbohøjskolen om det immunologiske respons mod spolorm larvernes vandring gennem tarm, lever og lunger (vejledt af Lis Eriksen og Peter Nansen.

Fra 1998 til 2019 ansat på DTU Veterinærinstituttet (tidligere Statens Veterinære Serumlaboratorium) hvor han i 2009 blev udnævnt til professor i veterinær immunologi og vaccinologi. Startede i 2019 en ny Veterinær vaccine forskningsgruppe på SSI med fokus på vacciner til grise og særluig interesse for infektioner på slimhindeoverflader.

Gregers Jungersen er en flittig foredragsholder ved internationale konferencer, tidligere formand for European Veterinary Immunology Group og fungerer som ad hoc ekspert reviewer for EU samt forskningsråd i England, Holland, Norge, Belgien og Canada og for en række tidsskrifter.